共有四个儿子：大儿子术赤，二儿子察合台，三儿子窝阔台，四儿子拖雷。 在成吉思汗生前，赐予每个儿子一个“兀鲁思”（即一个部落）、一个“禹尔惕”（即一片可供游牧部落生活的草原）和一个“因出”（即一项贡赋，包括被征服的中国居民、突厥斯坦居民和伊朗居民交纳的税收）。 成吉思汗赐给儿子们的草场都是原来游牧人的牧区，也就是突厥－蒙古草场的一部分。至于那些通过征服获得的农田，像北京或撒马尔罕周围的领地，则是属于帝国的领土。对于是否去做中国的皇帝、突厥斯坦的汗王，或者是波斯的一个苏丹，成吉思汗的儿子们根本就没有这些想法，而且他们也不认为自己应该有这种想法，他们始终认为，尽管父亲给他们每个人分配了草原，但草原的分割并不会引起帝国的分裂。按照游牧人的法律，虽然可汗享有绝对的权威，但国家并不是他个人的，而是属于整个王室的。 术赤是成吉思汗的长子，传说中他不是成吉思汗的亲生儿子。尽管成吉思汗对此并不在意，但父子间还是产生了矛盾。公元1221年4月攻占玉龙杰赤城后，一直到公元1227年2月（成吉思汗去世前6个月）英年早逝，术赤再也没有参加过父亲的其他远征行动，一直呆在他自己的领地土尔盖和乌拉尔斯克上。术赤的离开令成吉思汗倍感忧虑，他觉得这个儿子将来可能会对他不利，结果术赤的早亡避免了父子间日后的直接冲突。 成吉思汗的二儿子察合台曾被父亲派去执行扎撒黑，他执行任务一丝不苟，是个严肃而可怕的法官。但在个人品质方面，他对某些事情很看得开，从不计较父亲授予弟弟窝阔台比自己更高的职位。察合台的领地就是昔日的哈剌契丹帝国，从东方的回纥人聚居地到西方的布哈拉与撒马尔罕，包括伊犁、伊塞克湖、楚河上游、塔拉斯河等地区，还有喀什噶尔和阿姆河地区的农田。据长春真人丘处机的记载，察合台的行营在伊犁河的南面。察合台死于公元1242年。 三儿子窝阔台是成吉思汗四个儿子中最聪明的一个。虽然论才智、权势以及活动能力，他都无法与成吉思汗相比，但他却继承了父亲人性的善良和意志坚定的一面。窝阔台天性乐观，待人宽厚，老实木讷，但却喜欢酗酒。在成为最高统治者后，他更是利用这个身分经常沉溺于饮酒作乐。好在有扎撒黑这一严格的律法，蒙古帝国的政事才会按部就班地顺利向前推进。 成吉思汗的小儿子拖雷，按照法律的规定应该是祖业的继承人，而事实上他也的确继承了位于土拉河、鄂嫩河上游与克鲁伦河上游的祖业。（按蒙古人的习俗，成吉思汗的幼子拖雷正像他被称呼的那样，叫斡赤斤（Ochigin，或者更准确的写法Otchigin），即“关系着火和家灶的儿子”。换言之，他是构成“祖业”的土兀刺河、斡难河上游和怯绿连河上游之间地区的继承人。） 《蒙古秘史》里曾经提到，拖雷是一个勇猛的军人和出色的将领，一心只想着征服，在公元1232年的那场战役中他的表现最为出色。但拖雷嗜酒成性，公元1232年10月因酒精中毒而过早地去世，时年仅40岁。并无大智慧的拖雷却娶了一个聪明的妻子，王罕的侄女、克烈部王族的公主唆鲁忽帖尼，她像大多数克烈部人一样信奉景教。后来正是她使得儿子们保全了帝国。