土壤是微生物的大本营，是人类最丰富的菌种资源库。土壤中尤以细菌最多，约占土壤微生物总量的70-90%.土壤中不同类型的细菌有不同的作用。有的能够固定空气中的氮元素，合成细胞中的蛋白质；有的能够分解农作物的秸杆，它们大多是异养菌。除了细菌以外，土壤中数量较多的其它微生物是放线菌（抗生素的主要产生菌）和真菌，而藻类和原生动物等较少。土壤微生物是构成土壤肥力的重要因素。