秦统一中国后，在丞相、太尉、御史大夫这“三公”之下分设“九卿”，使中央机构基本系统化，其中，“奉常”主管礼仪祭祀以及今属教育医疗卫生的事务，“治粟内史”掌管农业、财政以及盐铁专卖，“少府”掌管皇室财产、物资供应以及宗庙陵园营建等，都与科技活动有一定关系。汉代仍设九卿，且其职能大体不变，只是部分机构改名。 东汉时建立尚书台，西汉在尚书台下设立六曹，六曹成为以后近两千年间国家六部的雏形。隋代在尚书省下设六部：吏部、礼部、兵部、都官部、度支部、工部。每部之下辖四司，每部均以第一司为本司或头司，余为子司。这类设置沿历千余年，直到今天，我国中央各部其下设司，犹是古之余绪。当然，历代在各部之下设司的名称时有不同，数目到明清后也有变化。 唐初定六部名称“吏、户、礼、兵、刑、工”，一直沿用到清末，其间只有短期改动。 除了六部之外，隋唐以后各朝往往还有一些新设的与部同级的中央一级行政机构。例如，隋唐有“五监”：“国子监”主管学校教育；“少府监”主管手工业制作；“将作监”管宫庙工程修建；“军器监”管武器与军用品的生产；“都水监”管河渠水利，这些都与科技有一定关系。 大体说来，到明清时，科技管理与工程技术有关的归“工部”；与农学有关的归“户部”；与天文学有关的归“钦天监”；与医学有关的归“太医院”；与算学有关的归“国子监”。进入民国，情况发生变化，科技管理机构开始向西方靠拢了。