在20世纪初人类发明了人工智能机器人,但人类不把机器人当作真正的生命体,随意的摧毁,一天机器人开始反抗,与人类进行战争,因为机器人可以不断的自动化生产,人类逐渐失去优势,为了扭转战局,人类决定发射新式武器,新式武器可以使大气层变化,挡住太阳光,这样就可以断绝机器人的能源,因为机器人几乎都是使用太阳能,从此地球限入一片黑暗. 但机器人并没有因此失败,它们找到了,新的能源代替品,就是人体内产生的生物电,于是人类开始被机器人饲养,当作天然电池使用.为了控制被饲养的人类,机器人制造了"母体"一台由超大智能中心控制的虚拟世界,让饲养的人类活在自己的虚拟世界. 但有的人类比较好奇,不断的探索自己的世界,自己的内心,终于觉醒过来,于是产生了一位救世主,唤醒了第一批人类,于是以后不断有人被唤醒,经过挑选出来的人,成为抵抗机器人的自由战士. 在这些人类中间流传着一个传说,救世主将会再次出现,并且挽救人类的命运,而救世主会在"母体"内产生.于是自由战士几百年来不断在"母体"内找寻救世主. 一开始,莫非斯、崔呢迪等自由战士找到尼奥作为救世主的候选人,而母体内的智能程序化成黑衣密探阻止自由战士寻找救世主并杀死救世主候选人和自由战士,他们找到了尼奥,并不知道他是救世主的候选人,以为只是一个普通的选中的唤醒对象,所以只是安装了追踪器,但被莫非斯、崔呢迪等识破.成功的唤醒了尼奥,并且训练了他成为一名自由战士.为了证明尼奥是救世主,他们必须带尼奥进入"母体"去见预言家(其实也是一个智能程序,到第二、三部才知道).但自由战士中出现了叛徒，经过一翻打斗，莫非斯因为相信尼奥是救世主，为了掩护他而被黑衣密探抓住，并想从他脑内套出人类基地的主机密码。 尼奥因为预言家暗示他还不是救世主，而莫非斯为他牺牲而内疚，决定去救莫非斯，如是尼奥，崔呢迪进入“母体”，来了一场精彩的打斗，莫非斯被救出。但在撤离“母体”时尼奥没有及时撤走，被黑衣密探围攻，最后被打死在逃生的房间外，但尼奥坚信自己的信念，这一切真实都是假象，所以又一次复活，因为这一次的战胜自己，他成了真正的救世主，对黑衣密探进行了反攻，并杀死了黑衣密探史密斯，从此人类开始正式向智能机器“母体”发起挑战。 第二部，尼奥为了找到智能程序的中心程序，并且摧毁，使人类摆脱控制，向电脑内的其他智能程序人打听消息，发生了一系列的打斗，其中有一对可分解再重组的智能程序人孪生子和上集被尼奥杀死的黑衣密探史密斯成为类似于病毒一样的程序可以将其他程序变成他自己的分身与尼奥进行了多次打斗。在故事末尾尼奥要在摧毁主机中心和拯救崔呢迪之间作出选择，他选择拯救崔呢迪， 第三部，机器人发现了人类的基地，发起进攻，而尼奥也发现自己再虚拟世界以外也有超能力（特异功能人事），在机器人向人类基地发起猛烈攻击时，尼奥和崔呢迪决定驾船，攻进机器人外面的总部，其实整个救世主的预言只是只能程序玩的一个游戏，就是那个“母体”的总工程师，散布的谣言，没想到的是尼奥真的出现成了救世主，虽然这个游戏更好玩，但已经失去了控制，黑衣密探史密斯的程序进化成可怕的程序将威胁到整个“母体”的运作，所以但尼奥攻入机器人总部时，智能中心主机与他谈判如果尼奥帮他杀死黑衣密探史密斯，他将放过外面的人类，与人类共存。最后尼奥杀死黑衣密探史密斯，机器人停止进攻。 人类获得一席生存之地