海洋环境污染是海洋生物减少的最主要原因，主要包括随河流进入海洋的污染物、海上船只以及海上作业平台等产生或者因事故造成的污染物（eg：石油泄漏等）。 当然海洋污染不单单指有毒有害的物质流入海洋，大量的氮磷物质流入海洋照成赤潮的现象，全球气候变暖造成南北极冰川融化，造成海洋中盐分的浓度发生改变，这都对海洋生物的生存造成非常严重的影响。 而且，海洋是一个生态系统，该系统处在一个平衡状态，一旦其中一个环节被破坏，整个系统都可能崩溃，也就是海洋生物的大量死亡。 当然，人类过度的打渔也是海洋生物减少的一个原因。