1.保护原核生物自己，如一些抗病毒的原核生物，当病毒侵入细胞后，可以用限制性酶来将病毒的核酸切了，免受伤害。 2.切后经外切核酸酶分解为单个核酸，被利用来供自身合成遗传物质。 3.限制性切割后，外源基因也有可能整合到原核生物的遗传物质上（如质粒，这有点像人类现在进行分子生物学的方法，但也不能说微生物自身不能进行这样的生命活动），原核生物这样就会获得新的性状（当然，这样的新性状应该可以使自身更好的适应环境，不然经过几代遗传后，子代细胞仍会将新基因丢弃）