直皖战争导致了皖系的衰落和灭亡。 1920年7月﹐直皖战争爆发﹐皖系被直﹑奉军击败。段祺瑞下野﹑皖系重要头目被通缉﹐安福国会解散﹐北京政府由直系控制。皖系军阀逐步被消灭。 直皖战争的主要战场在京汉路和京津路之间的河北涿州、高碑店和杨村一带。直系兵分两路，吴佩孚任直军前敌总司令兼西路总指挥，曹瑛任东路总指挥，另派第一混成旅旅长王承斌驻郑州，为后路总指挥。7月14日晚，皖军首先向直军的杨村进攻，直军放弃杨村败退北仓固守。初战皖军告捷。7月17日，战情发生变化。吴佩孚率军退出高碑店，奔袭皖军西路军指挥部所在地松林店，指挥曲同丰被俘，余部投降。同日，奉系军阀张作霖通电与直军并肩作战，令二十七师、二十八师开进关内，分驻马厂和军粮城一带配合直军作战，皖系东路军指挥徐树铮在廊房不战而逃回北京，所部向京绥路败走。至此，东西两路皖军均大败。在战争开始后，南方军阀支持直系。孙中山的广东护法军政府也发布讨段檄文。段祺瑞四面楚歌，被迫于7月19日通电罢免官职，撤销定国军名义。7月22日，直系察哈尔都统王廷桢率部进驻康庄，在居庸关附近打败皖军残部。7月23日，直、奉两军进驻京都，直皖战争结束。 直皖战争一结束，北京政府即下令：撤销对曹锟、吴佩孚等处分；免去段祺瑞本兼各职，撤销督办边防事务处及西北边防军名义；通辑祸首徐树铮、曾毓隽、段芝贵、王揖唐、丁士源、梁鸿志、王郅隆、张宣等人； 夺曲同丰、陈文运等人官职；解散安福俱乐部。 直皖战争后，段祺瑞避居天津，等待时机，以图再起。而徐树铮则逃往上海，因皖系干将卢永祥占有浙江、上海一带的地盘。 1924年，吴佩孚支持江苏都督齐燮元联合闽粤边防督办孙传芳、福建都督周荫人、江西都督蔡成勋、安徽都督马联甲联合进击卢永祥，爆发了江浙战争，又称“齐卢之战”。 1924年9月3日晨，江、浙两军正式开战，激战于上海外围的嘉定、宝山、松江、太仓、浏河和宜兴一带，初战浙军略占优势。后孙传芳率兵乘虚越过仙霞岭，9月16日攻下江山，击溃浙江守江山的张载阳第三路，逼进杭州。这时，浙江警务处处长夏超倒戈，暗通孙传芳，导致浙军放弃杭州，收缩兵力于上海。9月25日，孙传芳部进入杭州。10月初，齐军、孙军攻下上海外围的宝山、嘉定、松江等地。10月13日，卢永祥通电下野，偕同部将何丰林等乘船逃往日本。浙沪联军残部推皖系健将徐树铮为总司令，继续作战。10月15日，徐树铮被上海工部局软禁，浙沪联军遂告失败。 1925年12月29日，徐树铮被杀。 1926年，三·一八惨案后，段祺瑞政府遭到全国人民的激烈反抗，已难以维持统治。国民军退守北京，遭到奉、直军阀的包围。这时，段祺瑞为保住执政的地位，又企图联合奉系，指派吴光新联络奉军张学良，作奉军的内应，先将鹿钟麟逮捕，与奉军里应外合赶走在北京的冯军。不料，消息被鹿钟麟发觉。4月9日，鹿钟麟率所部国民军包围执政府。因消息走漏，段祺瑞及李思浩、曾敏隽等皖系政客逃匿东交民巷。4月15日，吴佩孚电令部将唐之道拘捕段祺瑞。4月20日，段祺瑞与曾敏隽、梁鸿志、吴光新、姚震、姚国祯、许世英、曲同丰、段宏业（段祺瑞子）等在直鲁联军保护下乘赴天津，临时执政府倒台。段祺瑞先后六次组阁，在中国的政治舞台上活跃了十年之久，这一次则是他政治生命的终结，同时，也是皖系军阀的最后消亡。