可用四环素、红霉素、复方磺胺甲基异唑、氨苄青霉素等全身治疗。对眼部感染可用利福平、四环素、红霉素眼药水滴眼。 首选阿齐霉素250mg每日1次，连服7天，或用强力霉素100mg每日2次，连服7日。复方新诺明亦有效。 另外近年来新开发的对各领域的感染症广泛使用的新药喹诺酮类，在治疗衣原体方面临床效果较好，其中常用的药物有氧氟沙星（OFIX），环丙沙星（CPFX），洛美沙星，利福平治疗效果也较好。