以内部查货少了好几万的货为由迟发\扣发工资，是不对的.你们可向当地劳动行政主管部门反映,具体说也就是劳动和社会保障局的劳动监察科. 相关法律依据是;<劳动合同法>第三十条　用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。 用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。 第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金： （一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；